该方案主要适用于进口冷链食品的装载运输工具、产品内外包装的消毒。其中要求根据进口冷链食品的物流特点，在按要求完成检测采样工作后，分别在口岸查验、交通运输、掏箱入库、批发零售等环节，在进口冷链食品我境内人员接触前实施预防性全面消毒处理。
在口岸环节，进口企业要如实申报进口冷链食品的相关信息，海关部门根据制定的风险监测计划，加强对进口冷链食品的检测工作。检测结果为阳性的，按规定作退运或销毁处理。
检测结果为阴性的，海关部门组织指导督促查验场地经营者或进口企业，对进口冷链食品的集装箱内壁、货物外包装实施消毒。消毒完成后，消毒单位出具该批货物业经消毒的证明。
未在口岸环节消毒的进口冷链食品按规定放行后，在后续环节予以消毒。
当进口冷链食品在从集装箱卸货换装至国内运输工具时，货主或其代理人要对货物包装实施消毒。进口冷链食品运输过程中，承运企业不得开箱，在国内运输段交通运输管理部门要督促指导冷链物流企业严格查验海关通关单证，落实运输车辆船舶等装载运输装备消毒、一线工作人员个人防护等措施。
对从口岸放行的进口冷链食品，在社会冷库或企业冷库倒箱过车、入库存储前，相关生产经营单位查验货物所附的消毒证明，如未消毒，则在掏箱卸货时，对该批货物的集装箱内壁、货物外包装实施消毒。消毒完成后，消毒单位出具该批货物业经消毒的证明。生产经营单位对需打开外包装的货物的内包装实施消毒。要加强进口冷链食品销售市场管理，查验进口冷链食品是否消毒的相关证明，防止未经过预防性全面消毒处理的进口冷链食品进入市场；完善追溯管理，做到所有进入市场的进口冷链食品来源可查、去向可追。
方案还要求相关部门按职责分工加强进口冷链食品预防性全面消毒工作的指导监督和协作配合，实现全流程闭环管控可追溯，程度降低通过进口冷链食品输入风险。具体来说，海关部门负责按规定开展进口冷链食品监测检测，组织指导进口冷链食品进口商、海关查验场所经营单位做好口岸环节被抽中的进口冷链食品集装箱内壁和货物外包装的预防性全面消毒处理工作；交通运输部门负责督促指导进口冷链食品承运单位落实运输环节的主体责任并实施相应消毒处理措施，在国内运输段严格查验进口冷链食品海关通关单证，落实进口冷链食品运输工具消毒、一线工作人员个人防护等措施，配合检查进口冷链食品倒箱过车过程中的消毒处理措施的落实情况；卫生健康部门负责汇总分析进口冷链食品检测结果，对进口冷链食品传播风险进行研判等；市场监管部门则负责做好现场检查和索票索证工作，督促市场开办者、食品生产经营者索取消毒单位出具的进口冷链食品货物业经消毒的证明，凡是不能提供消毒证明的，一律不能上市销售。