1、概念不同：
（1）保税区，也称保税仓库区，级别低于综合保税区。这是一国海关设置的或经海关批准注册、受海关监督和管理的可以较长时间存储商品的区域。是经批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域。保税区的功能定位为“保税仓储、出口加工、转口贸易”三大功能。保税区具有进出口加工、国际贸易、保税仓储商品展示等功能，享有“免证、免税、保税”政策，实行“境内关外”运作方式，是中国对外开放程度高、运作机制便捷、政策优惠的经济区域之一。
（2）保税仓库，是指由海关批准设立的供进口货物储存而不受关税法和进口管制条例管理的仓库。储存于保税仓库内的进口货物经批准可在仓库内进行改装、分级、抽样、混合和再加工等，这些货物如再出口则免缴关税，如进入国内则须缴关税。各国对保税仓库货物的堆存期限均有明确规定。设立保税仓库除为贸易商提供便利外，还可促进转口贸易。保税仓库由直属海关审批。企业申请设立保税仓库的，应当向仓库所在地主管海关提交书面申请，并备齐相关证明材料。申请材料齐全有效的，主管海关予以受理。申请材料不齐全或者不符合法定形式的，主管海关应当在5个工作日内一次告知申请人需要补正的全部内容。主管海关应当自受理申请之日起20个工作日内提出初审意见并将有关材料报送直属海关审批。直属海关应当自接到材料之日起20个工作日内审查完毕，对符合条件的，出具批准文件，批准文件的有效期为1年；对不符合条件的，应当书面告知申请人理由。
2、内涵不同：
（1）中国境内保税区就形同国外，即国外过来的货物放在保税区，相当货物还在国外，不用交关税，但出了保税区进入非保税区，就是从国外进口到中国的意思，要交关税。中国非保税区货物进入保税区，就表示已经出口到国外了，要交关税了。
（2）保税仓库是已经是中国境内的意思。只是可以储存货物的功能。比如中国贸易企业进口货物入境，但是没有找到货物买主，就可以放入保税仓库，要交监管费，等找到买家就出库。或者入库后想等有个好价钱再卖。这也涉及到海关的不同贸易方式的申报。
3、操作流程不同：
（1）保税区内外进出，视同进出口，即按照一般的有关进出口的管理规定来办理相关手续。
（2）保税仓库货物进出库，不视同进出口一、保税仓库货物进库通关保税仓库进口货物进境时，收货人或其代理人应持有手写白色进口货物报关单（贸易性质为保税仓库货物1233）一份，保税仓库货物进库清单、保税仓库货物进出库登记表（一式两份）进口合同，进口发票，装箱单。正本提单及海关需要的其他单证；收货人或其代理公司报关员凭主管海关审批同意的 保税仓库货物进库清单进口货物报关单手写联，到预录入公司进行报关单预录入，并向海关通关中心进行电子通关进口申报。保税仓库货物的进口报关单电子数据一律经审单中心集中审核。
